Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman berdiri pada tanggal 28 September 1962 berdasarkan Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Nomor 130 Tahun 1962. Pada awal berdirinya, Fakultas Pertanian memiliki dua jurusan, yaitu Jurusan Budidaya Pertanian dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian.

Jurusan Budidaya Pertanian menaungi tiga program studi, yaitu Agronomi, Ilmu Tanah, serta Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan. Ketiga bidang ini menjadi fondasi keilmuan penting dalam pengembangan pendidikan pertanian di Universitas Mulawarman.

Pada pertengahan dekade 2000-an, khususnya tahun 2005-2007, terjadi penurunan minat mahasiswa baru pada bidang pertanian, perikanan, dan kehutanan. Kondisi tersebut mendorong perguruan tinggi pertanian di Indonesia melakukan penataan kurikulum dan kelembagaan agar pendidikan pertanian lebih adaptif terhadap kebutuhan zaman.

Melalui Forum Komunikasi Perguruan Tinggi Pertanian Indonesia pada tahun 2006 di Universitas Sam Ratulangi Manado, disepakati penggabungan tiga program studi di bawah Jurusan Budidaya Pertanian menjadi Program Studi Agroteknologi atau Agroekoteknologi. Kesepakatan tersebut diperkuat dengan Keputusan Dirjen Dikti Depdiknas RI No. 163/DIKTI/Kep/2007.

Universitas Mulawarman kemudian menindaklanjuti kebijakan tersebut melalui Keputusan Rektor Universitas Mulawarman No. 402/DT/2008 tentang Penataan Jurusan/Program Studi serta Penyesuaian Kurikulum Fakultas Pertanian. Sejak saat itu, tiga program studi di bawah Jurusan Budidaya Pertanian melebur menjadi Program Studi Agroekoteknologi.

Dalam perkembangannya, Program Studi Agroekoteknologi terus memperkuat mutu pendidikan. Program studi ini memperoleh akreditasi B pada periode 2013-2017 dan kembali meraih reakreditasi B pada periode 2017-2022. Selanjutnya, pada periode 2022-2027, Program Studi Agroekoteknologi memperoleh akreditasi Baik Sekali dari BAN-PT, serta pada Maret 2025 memperoleh akreditasi internasional dari ASIIN.