Laboratorium merupakan tempat dilakukannya riset ilmiah, eksperimen, pengukuran ataupun pelatihan ilmiah. Laboratorium biasanya dibuat untuk memungkinkan dilakukannya kegiatan-kegiatan tersebut secara terkendali. Jurusan Agroekoteknologi memiliki 7 (tujuh) laboratorium yang digunakan untuk melaksanakan penelitian dan praktikum untuk mahasiswa fakultas pertanian, serta 1 (satu) fasilitas fakultas pertanian yaitu Kebun Percobaan yang digunakan sebagai sarana pendukung penelitian dan praktikum lapangan.
Laboratorium yang ada dilingkungan Jurusan Agroekoteknologi adalah sebagai berikut :